Στις πρώτες δεκαετίες του 20ου αιώνα οι Χρ. Τσούντας και Π. Καββαδίας συγκέντρωσαν αγγεία και όστρακα προϊστορικής εποχής για τις διδακτικές ανάγκες των μαθημάτων της Αρχαιολογίας στη Φιλοσοφική Σχολή.

Έκτοτε καθηγητές και καθηγήτριες Αρχαιολογίας επεδίωξαν και εξασφάλισαν τη δωρεά ή τον δανεισμό περισσότερων από 8.500 αντικειμένων, πρωτότυπων και αντιγράφων. Αυτά συγκροτούν σήμερα τις 11 Διδακτικές Συλλογές του Μουσείου. Εκπροσωπούν διαχρονικά όλες τις περιόδους του πολιτισμού του ελληνικού χώρου από την προϊστορία έως και τη σύγχρονη εποχή.

Το Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών αναγνωρίζοντας ουσιαστικά τις παραπάνω προσπάθειες και αναλαμβάνοντας την ευθύνη φύλαξης και έκθεσης των Συλλογών αυτών, παρεχώρησε δύο χώρους για την ανάπτυξή τους στο νέο κτήριο της Φιλοσοφικής Σχολής, όπου αυτές εκτίθενται από το 1994.

Οι Διδακτικές Συλλογές του Μουσείου Αρχαιολογίας και Ιστορίας της Τέχνης δεν αντανακλούν μόνο τα ερευνητικά ενδιαφέροντα των καθηγητών Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου μας, αλλά και την ιστορία, σπουδαιότητα και θέση του αρχαιότερου ανώτατου εκπαιδευτικού ιδρύματος της χώρας. Αντικατοπτρίζουν την εξέλιξη της γνώσης και της επιστήμης και περιλαμβάνουν  μοναδικής σημασίας ενότητες –όπως για παράδειγμα την πληρέστερη διαχρονική συλλογή Κυπριακών αγγείων στην Ελλάδα.

Ως βασικός άξονας της αποστολής του Μουσείου Αρχαιολογίας και Ιστορίας της Τέχνης έχει τεθεί η θεωρητική κατάρτιση και πρακτική άσκηση των φοιτητών του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας σε θέματα μελέτης, κατανόησης, ερμηνείας και επιμέλειας αρχαιολογικών αντικειμένων και σύγχρονων έργων τέχνης, παρουσίασης και προβολής της πολλαπλής σημασίας τους για την ιστορία του πολιτισμού και της τέχνης.

Το Μουσείο Αρχαιολογίας και Ιστορίας της Τέχνης έχει εξελιχθεί σε ένα δυναμικό πεδίο εκπαίδευσης, άσκησης και μελέτης για τους φοιτητές, αλλά και σε χώρο έμπνευσης και δημιουργίας μέσα από την οργάνωση διαδραστικών εργαστηρίων, πειραματικών εργαστηρίων, διαδικτυακών διαγωνισμών, φωτογραφικών εκθέσεων, από την παρουσίαση περιοδικών εκθέσεων αντικειμένων από τους φοιτητές έως την οργάνωση συναυλίας. Επιπλέον, προάγεται συστηματικά η διεπιστημονικότητα, καθώς προπτυχιακοί και μεταπτυχιακοί φοιτητές Αρχαιολογίας εκπαιδεύονται, μελετούν και συνεργάζονται με φοιτητές του ΤΕΙ Συντήρησης και μεταπτυχιακούς φοιτητές Μουσειολογίας.

Ταυτόχρονα επιδιώκοντας να αναδειχθεί σε ισχυρό συνδετικό κρίκο και πόλο έλξης όχι μόνο της πανεπιστημιακής και ευρύτερης επιστημονικής κοινότητας αλλά γενικότερα της κοινωνίας, πέτυχε τη διεύρυνση του κύκλου  των επισκεπτών του με την υλοποίηση σειράς εκπαιδευτικών δράσεων για ομάδες μαθητών Δημοτικού και Γυμνασίου, τη συμμετοχή του σε διεθνείς εορτασμούς των μουσείων (όπως οι Ευρωπαϊκές Ημέρες Πολιτιστικής Κληρονομιάς, η Διεθνής Ημέρα Μουσείων κ.ά.), την οργάνωση κύκλων διαλέξεων.

Στις δράσεις του Μουσείου συγκαταλέγονται τέλος η έκδοση καταλόγων των Συλλογών, εκπαιδευτικού υλικού και φυλλαδίων και η συγκρότηση Βιβλιοθήκης αναλογικών και ψηφιακών βιβλίων κυρίως μουσειολογικού περιεχομένου.