Από το 2008 καταβάλλονται συντονισμένες προσπάθειες το Μουσείο να υπερβεί τις εγγενείς αδυναμίες πολλών, εγχώριων και μη, πανεπιστημιακών Μουσείων, περισσότερο ή λιγότερο κρυμμένων εντός των πανεπιστημιοπόλεων, και να υποδεχθεί μαθητές-τριες, προσφέροντας αξιόπιστα εκπαιδευτικά προγράμματα που εξυπηρετούν στοχευμένες ανάγκες των μαθητών-τριών και των δασκάλων τους και παράλληλα λειτουργούν ως κίνητρο για τους εκπαιδευτικούς, προκειμένου να δώσουν την ευκαιρία στους μαθητές να έχουν μια πρώτη επαφή με το ακαδημαϊκό περιβάλλον. Έκτοτε έχουν υλοποιηθεί δέκα εκπαιδευτικά προγράμματα:

• Γνωριμία με το περιβάλλον του παρελθόντος

• Εγεννήθηκες χωρίς στρωματάκι καλέ μας Χριστούλη

• Υποδεχόμαστε την άνοιξη και το Πάσχα στο Μουσείο Αρχαιολογίας και Ιστορίας της Τέχνης

• Από την Σκύλλα στην Χάρυβδη και ακόμη πιο πέρα... Συνάντηση με τα τέρατα του αρχαίου κόσμου στο Μουσείο Αρχαιολογίας και Ιστορίας της Τέχνης

• Ψωμί με μέλι και γλυκό κρασί. Ξεκλειδώνοντας τα μυστικά της κουζίνας ενός πρωτοβυζαντινού σπιτιού στους Δελφούς.

• Το μυστικό του Μαυσωλείου

• Θα ‘θελα νά ‘μουν ο / θα ‘θελα να ‘μουν η... Συναντούμε θεούς, ήρωες και ανθρώπους στο Μουσείο Αρχαιολογίας και Ιστορίας της Τέχνης

• Εκπαιδεύοντας μικρούς αρχαιολόγους.

• Φρέατα, κρήνες υδραγωγεία, δεξαμενές, βαλανεία. Η διαχείριση του νερού στην αρχαία Αθήνα.

• Δελφοί, από το μαντείο στις κατοπινές πόλεις